重庆公路物流基地建设有限公司于2010年3月设立，为区政府领导下的政府投融资平台公司，负责公路物流基地的规划、开发建设和经营发展。物流基地公司实行扁平化管理，目前设有“执行董事+总经理”1名；常务副总经理1名；副总经理6名（含挂职领导1名）。公司内设办公室、人力资源部、财务部、法务监察部、规划发展部、土地利用部、总工部、合同部、工程建设部、安全环保部、园区服务部、融资部、招商服务部、对外开放发展部14个部门。