物流基地管委会为巴南区政府派出机构，于2010年9月设立主要负责执行上级党委、政府的路线、方针、政策，组织实施物流基地发展规划、产业发展计划、基础设施规划布局，负责发展的协调、管理和服务工作，组织协调土地开发征用、土地整治、对外开放、招商引资等工作。
      物流基地公司于2010年3月设立，为区政府领导下的政府投融资平台公司，负责公路物流基地的规划、开发建设和经营发展。物流基地公司实行扁平化管理，目前设有“执行董事+总经理”1名；常务副总经理1名；副总经理6名（含挂职领导1名）。公司内设办公室、人力资源部、财务部、法务监察部、规划发展部、土地利用部、总工部、合同部、工程建设部、安全环保部、园区管理部、融资部、招商服务部、对外开放发展部14个部门。